Institut für Organische Chemie und Chemische Biologie -
Prof. Dr. Gisbert Schneider

 

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Expertise

  • Chemie- und Bioinformatik
  • Entwicklung und Anwendung von Verfahren zum virtuellen Molekülsuche nach neuen Leitstrukturen
  • Anwendung von maschinellen Lernverfahren zur Etablierung von Struktur-Aktivitätsbeziehungen
  • Einsatz evolutionärer Algorithmen und neuronaler Netze im Moleküldesign
  • Analyse von Protein-Targeting-Signalen

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Methoden und Geräte

  • Multiprozessor Linux Cluster
  • Anwendung kommerzieller und Gruppen interner Software für Moleküldesign und Modellierung von Protein-Ligand-Interaktionen

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Mitarbeiter

  • Dipl.-Bioinformatikerin Swetlana Derksen (Allosterische Modulation von GPCR)
  • Dipl.-Bioinf. Yusuf Tanrikulu (Pharmakophormodellierung)
  • Dipl.-Bioinf. Martin Löwer (In silico search for protease-genes in the genome of H. pylori)
  • Dipl.-Bioinf. Eugen Proschak (de novo Wirkstoffdesign mit Hilfe von Shape-Deskriptoren)

 

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Publikationen

  • Rupp M, Proschak E, Schneider G: Kernel Approach to Molecular Similarity Based on Iterative Graph Similarity. J Chem Inf Model 2007; 47:2280-2286.
  • Schmuker M, Schneider G: Processing and classification of chemical data inspired by insect olfaction. Proc Natl Acad Sci USA 2007; 104:20285-20289.
  • Glen R, Schneider G: (Eds). "*Challenges in Virtual Screening ", Special Issue, *QSAR & Combinatorial Science 2006; 25(12), Wiley-VCH, Weinheim, New York.
  • Noeske T, Sasse BC, Stark H, Parsons CG, Weil T, Schneider G: Predicting compound selectivity by self-organizing maps: Cross-activities of metabotropic glutamate receptor antagonists. ChemMedChem 2006; 1:1066-1068.
  • Schüller A, Fechner U, Renner S, Franke L, Weber L, Schneider G: A pseudo-ligand approach to virtual screening. Comb Chem High-Throughput Screen 2006; 9:359-364.
  • Meissner M, Schmuker M, Schneider G: Optimized Particle Swarm Optimization (OPSO) and its application to artificial neural network training. BMC Bioinformatics 2006; 7:125-136.
  • Fechner U, Schneider G: Flux (1): A virtual synthesis scheme for fragment-based de novo design. J Chem Inf Model 2006; 46:699-707.
  • Byvatov E, Sasse BC, Stark H, Schneider G: From virtual to real screening for novel D3 dopamine receptor ligands. ChemBioChem 2005; 6:997-999.
  • Renner S, Ludwig V, Boden O, Scheffer U, Göbel M, Schneider G: New inhibitors of the Tat-TAR RNA interaction found with a "fuzzy" pharmacophore model. ChemBioChem 2005; 6:1119-1125.
  • Schneider G, Fechner U: Computer-based de novo design of druglike molecules. Nature Re. Drug Discov 2005; 4:649-663.
  • Franke L, Byvatov E, Werz O, Steinhilber D, Schneider P, Schneider G: Extraction and visualization of potential pharmacophore points using Support Vector Machines: Application to ligand-based virtual screening for COX-2 inhibitors. J Med Chem 2005; 48:6997-7004.
  • Schneider G, Fechner U: Advances in the prediction of protein targeting signals. Proteomics 2004; 4:1571-1580.
  • Renner S, Schneider G: Fuzzy pharmacophore models from molecular alignments for correlation-vector based virtual screening. J Med Chem 2004; 47:4653-4664.
  • Downs G, Schneider G (Eds): "*Machine Learning Methods in QSAR Modelling", Special Issue, *QSAR & Combinatorial Science 2003; 22(5), Wiley-VCH, Weinheim, New York.
  • Böhm HJ, Schneider G (Eds): Protein-Ligand Interaction: From Molecular Recognition to Drug Design. Wiley-VCH 2003;, Weinheim, New York.
  • Schneider G, So SS: Adaptive Systems in Drug Design. Landes Bioscience 2001;, Georgetown.
  • Böhm HJ, Schneider G (Eds): Virtual Screening for Bioactive Molecules. Wiley-VCH 2000;, Weinheim, New York.
  • Wrede P, Schneider G (Eds): Concepts in Protein Engineering and Design. Walter-de-Gruyter 1994;, Berlin, New York.

   

 

 

INSTITUTE UND MEDIZINISCHE ZENTREN

 
Chemie

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Institut für Organische Chemie und Chemische Biologie

Prof. Dr. Joachim W. Engels

Prof. Dr. Michael Göbel

Prof. Dr. Gisbert Schneider

Pharmazie

Institut für Pharmazeutische Biologie

Prof. Dr. Theo Dingermann

Prof. Dr. Rolf Marschalek

Institut für Pharmazeutische Chemie

Prof. Dr. Michael Karas

Prof. Dr. Manfred Schubert-Zsilavecz

Prof. Dr. Holger Stark

Prof. Dr. Dieter Steinhilber

Institut für Pharmazeutische Technologie

Prof. Dr. Jennifer Dressman

Prof. Dr. Jörg Kreuter

Pharmakologisches Institut für Naturwissenschaftler

Prof. Dr. Jochen Klein

Prof. Dr. Walter E. Müller

Gustav-Embden-Zentrum für Biologische Chemie

Institut für
Biochemie I: Pathobiochemie

Prof. Dr. Bernhard Brüne

Zentrum der Hygiene

Medizinische Virologie

Prof. Dr. Hans Wilhelm Doerr

Dr. Senckenbergische Anatomie

Anatomie I: Klinische Neuroanatomie

Prof. Dr. Thomas Deller

Anatomie II: Experimentelle Neurobiologie

Prof. Dr. Horst-Werner Korf

Zentrum der Pharmakologie

Allgemeine Pharmakologie und Toxikologie

Prof. Dr. Josef Pfeilschifter

Immunpharmakologie

Prof. Dr. Heinfried Radeke

Klinische Pharmakologie

Prof. Dr. Dr. Gerd Geißlinger

Zentrum der Physiologie

Physiologie I: Kardiovaskuläre Physiologie

Prof. Dr. Ralf Brandes

Institute for Vascular Signalling

Prof. Dr. Ingrid Fleming

Zentrum für Gesundheits-
wissenschaften

Allgemeinmedizin

Prof. Dr. Ferdinand Gerlach

Zentrum der Anästhesiologie und Wiederbelebung

Anästhesiologie, Intensivmedizin und Schmerztherapie

Prof. Dr. Oliver Habler

Prof. Dr. Paul Kessler

Zentrum der Chirurgie

Klinik für Allgemeinchirurgie

Prof. Dr. Wolf O. Bechstein

Dr. Christiane Gog

Dr. Christoph W. Strey

PD Dr. Christoph Wullstein

Mund-, Kiefer- und Plastische Gesichtschirurgie

Prof. Dr. Dr. Dr. Robert Sader

Zentrum der Dermatologie und Venerologie

Klinik für Dermatologie, Venerologie und Allergologie

Prof. Dr. Roland Kaufmann

Zentrum der Frauenheilkunde und Geburtshilfe

Klinik für Frauenheilkunde und Geburtshilfe

Prof. Dr. Manfred Kaufmann

Zentrum der Inneren Medizin

Med. Klinik I: Gastroenterologie und Hepatologie, Pneumologie und Allergologie, Endokrinologie und Diabetologie sowie Ernährungsmedizin

Prof. Dr. Christoph Sarrazin

PD Dr. Dr. Oliver Schröder

Prof. Dr. Gerlinde Teuber

Prof. Dr. Stefan Zeuzem

Med. Klinik II: Hämatologie / Onkologie, Rheumatologie, Infektiologie, Therapie der HIV - Erkrankung

Prof. Dr. Harald Burkhardt

Prof. Dr. Hubert Serve

Zentrum für Kinder- und Jugendmedizin

Klinik I: Stoffwechsel, Endokrinologie, Gastroenterologie, Ernährung, Pneumologie, Allergologie, Infektiologie, Neurologie und Neonatologie

Prof. Dr. Hansjosef Böhles

Prof. Dr. Stefan Zielen

Klinik für Pädiatrische Hämatologie, Onkologie und Hämostaseologie

Prof. Dr. Peter Bader

Prof. Dr. Thomas Klingebiel

Dr. Ulrike Köhl

Prof. Dr. Thomas Lehrnbecher

Prof. Dr. Dirk Schwabe

Zentrum der Neurologie und Neurochirurgie

Klinik für Neurologie

Prof. Georg Auburger

Prof. Rüdiger Hilker

Dr. H. Laufs

Dr. Matthias Lorenz

PD Dr. N. Müller

Prof. Dr. T. Neumann-Haefelin

Prof. Dr. Helmuth Steinmetz

Prof. Dr. Ulf Ziemann

Zentrum der Radiologie

Institut für Diagnostische und Interventionelle Radiologie

Prof. Dr. Thomas Vogl

Institut für Neuroradiologie

Prof. Dr. Friedhelm Zanella

Klinik für Nuklearmedizin

Prof. Dr. Frank Grünwald